日本のプロテスタント教界の並列的なのつながりと海外の教会との窓口として１９２３年に日本基督教連盟が設立されました。国家の宗教政策の下で１９４１年日本基督教団が設立されると共に、解散しました。これがＮＣＣの前身ですが、この日本基督教連盟は戦後日本基督教団から旧教派の教会が離脱することによって再び国内の教会間の連絡役と海外の教会との窓口が必要になり、１９４８年５月日本基督教協議会（後に日本キリスト教協議会）が出来ました。ＮＣＣは、１９４８年の設立から数えて１９９８年に、５０年を迎えました。

ＮＣＣの特色

　ＮＣＣは、教会だけの集まりでなく、教会（教団）とキリスト教関係団体を含んでいます。世界の多くのＮＣＣが「教会協議会」と呼んでいるのに対して日本のＮＣＣは「キリスト教協議会」と呼びます。キリスト教（者）が少数者である社会の中で、教会・キリスト教関係団体が共に宣教の課題を担っていくことを目ざしています。

ＮＣＣの構成団体

　ＮＣＣは、３３の正加盟と准加盟の教会（教団）・団体によって構成されています。

ＮＣＣの基本姿勢

１．ＮＣＣは、日本国家によるアジア・太平洋地域への侵略戦争に協力した日本基督教連盟から続く過去の歴史を自らのものとして受け止め、神とアジア・太平洋地域の人々になした罪責を告白し、正義と信頼に基づいた平和な関係を築く努力を続けます。

２．弱くされた人々、苦しみにある人々との「いのちの痛みに」共感する生き方を求めていきます。

ＮＣＣの活動

１．一致

加盟教団・団体の様々な立場の違いを尊重してキリストにある一致を目ざします。
また、共通の課題を担い、キリストにある証しを行います。

２．平和

日本国憲法を遵守して平和を作り出すものとして積極的役割を担います。天皇制強化、有事法制化、憲法改悪の流れに反対し、アジアの教会との交流を通してアジアの人々との信頼関係を築く努力をします。

３．人権

いかなる差別、人権抑圧に対しても反対していきます。部落差別や「障害者」差別に抗する取り組みの他、多民族・多文化共生社会の実現のため、「外国人住民基本法」案の推進を、 幅広いエキュメニカルな取り組みの中で行います。

４．国際関係・国際協力

ＷＣＣ／ＣＣＡを通して、特にアジアの人権問題や平和問題に取り組んでいます。また、自然災害や、難民救援のためのプログラム、開発プログラムなどへの支援をしています。

５．諸宗教との対話協力

相互理解のための対話プログラムや平和・人権・反原発などの課題について宗教協力を進めています。