主人公・無道刹那（むどう せつな）は、実妹・無道紗羅（むどう さら）を愛してしまっている16歳の少年。ある日刹那は、地獄からやって来た邪鬼（イヴル）・九雷（クライ）と紫羅九音（アラクネ）に女堕天使・アレクシエルの生まれ変わりだと告げられる。同じ頃、無機天使・ロシエル復活の為にその忠臣・カタンがバラ撒いたCD-ROM―〈天使禁猟区〉で紗羅の友人・斉木翠雀（さいき るり）は変貌を遂げ、操られるままに刹那の周囲の人間・加藤故（かとう ゆえ）などを従え、刹那達を追い詰めていく。自らの宿命や紗羅への禁断の愛に悩み、遂には手首を切って自殺を図る刹那だが、神父姿で地上に忍んでいた天使・ザフィケルに諭される。刹那達の母親も2人を引き離そうとするが、先輩・吉良朔夜（きら さくや）の支えでとうとう結ばれた刹那と紗羅だったがその矢先、紗羅はロシエルに利用された女天使・キリエによって殺されてしまう。その瞬間、刹那は絶望からアレクシエルの有機天使の力を覚醒。しかし力が暴走してしまい、聖隠者アダム・カダモン（セラフィタ）の時間魔術により、時間を停められた地球は辛うじて破滅を免れた。衝撃に巻き込まれたロシエルの手下・キリエと、それを助けようとしたカタンも消滅し掛けるが、ロシエルはカタンだけは見捨てられず、チップを用いて再生させようとする。

地球の復活と、まずは紗羅の蘇生の為、九雷達の協力で仮死状態となった刹那は死者の魂が集まる星幽界（ヘイディーズ）へ旅立つ。そこで自らが殺した加藤の先導で紗羅の魂を探す内、紗羅に瓜二つの少女・ドールや地獄門鍵守人（ヘルゲートガーディアン）・ウリエルとも戦い正気に戻した刹那だが、紗羅の魂がウリエルの元に一時保管されていた事、既に天界に連れ去られた後であった事を知らされる。またドールとの戦いで消滅し掛けていた加藤を、刹那は眷族として蘇らせた。

一方、炎の祭壇（ゲヘナ）では刹那の魂と肉体を結んでいた伝説の魔剣・七支刀御魂剣（ななつさやみたまのつるぎ）が、双子の邪鬼の少年・ボイスにより抜かれてしまった為に、肉体が死んだ刹那は帰還出来なくなってしまう。一先ず生還への道を辿った刹那の魂が辿り着いた先は、ゲヘナに保管されていたアレクシエルの肉体だった。そんな刹那の肉体の蘇生で途方に暮れる一行の前に、いかれ帽子屋（マッド・ハッター）を自称する悪魔・ベリアルが現れ、九雷に反魂の秘薬と引き換えに地獄（ジャハンナ）の魔王・ルシファーへの輿入れを持ち掛ける。一大決心で地獄の下層へ赴いた九雷だったが、全ては七君主（サタン）の一人でもあったベリアルの陰謀で、秘薬は偽物であり、ルシファーに嫁ぐのは処女を生贄に捧げる儀式であった。直後に起きたボイスの殺害から、輿入れに不信を抱いた刹那は九雷を停めようと、実はベリアルのスパイであった紫羅九音とボイスの姉・ノイズを伴って地獄へ向かう。そこで目にしたのは、吉良と瓜二つの顔をしたルシファーの魂のない巨体と、抜け殻では支え切れずに儀式で辛うじて保とうとする、崩落寸前の地獄の姿だった。アスモデウス達の協力と地獄の混乱に乗じて、九雷を救出する刹那。そして紫羅九音は、ベリアルを裏切って自らを生贄にする事で、地獄の崩壊を食い止めるのだった。

その頃、天界では紗羅が大熾天使長（グレートセラフィム）・メタトロンにより、その宰相の白き天使・セヴォフタルタの針が引き抜かれた、水天使・ジブリールの肉体で目覚めていた。紗羅はそこで知り合った風天使・ラファエルの協力で、本来のジブリールとしての能力と併せ、刹那の肉体を蘇らせる。だが天界からの逃亡の機会を逃し、実兄と通じた罪を問われる天界裁判により幽閉されてしまう。更にそこでメタトロンの双子の弟・サンダルフォンの襲撃を受け、操られた紗羅は惨殺を繰り広げながら神性界へと消えた。

こうして刹那は、紗羅を取り戻し、地球崩壊を食い止める為に、ザフィケルの腹心・ラジエル率いる天界の叛乱組織・世界の魂（アニマ・ムンディ）や七君主率いる地獄軍と共に、至高天の神の塔（エテメナンキ）へと向かう。