自民党は、昨年１２月に参議院の与党協議で合意した（１）法案の名称を「特定非営利活動促進法」に改める（２）暴力団やその統制下にある団体の法人を認めない（３）各団体の申請書類の縦覧期間を１か月から２か月に延長するなどの修正を提出していました。
公明、共産などの野党は（１）市民団体への寄付金の免税措置の導入（２）法人設立を準則主義にすること（３）法人格を取得するにあたって団体が宗教活動や特定の公職の候補者や政党を推薦したり支持することを禁ずる条項の削除を求めていました。

今回可決された修正案の骨子は：

１）法人の名称の修正
　　「市民活動法人」を　「特定非営利活動法人」　に改める。

２）第２条第２項第２号ハ
　　「特定の公職の候補者もしくは公職にある者又は政党を推薦
　　し、またはこれらに反対するものでないこと」　を
　　「、またはこれらに反対することを目的とするものでないこと」に
　　改める。

３）設立時に提出書類の内、「誓約する書面」　を
　　団体内部での「宣誓書や確認書」　に改める。

４）認証時の縦覧期間を「１ヶ月」　を　「２ヶ月」に改める。

５）認証時の要件に以下を追加する。
　「特定非営利活動法人が暴力団又は暴力団もしくはその構成員
　　の統制下にある団体でないこと」

６）認証の活動内容１２項目の別表の「災害時の救援の活動」を
　「災害救援活動」に改める。
　　　　　　　　　　　　　　　　
この修正案の提案者は以下の７氏です。

　　　　　自由民主党　　：　海老原　義彦（比例）・狩野　安（茨城）
　　　　　社会民主党　　：　大脇　雅子（比例）
　　　　　新党さきがけ　：　堂本　暁子（比例）
　　　　　公明党　　　　：　山本　保（愛知）
　　　　　民友連　　　　：　笹野　貞子（京都）・今泉　昭（比例）

付帯決議は以下の４項目です。

１）信教、結社及び表現の自由に配慮し、活動の自主性を損わないように
    努める。

２）活動の実態を踏まえ、税制を含め見直しを施行後２年以内に検討し、
    結論をえる。

３）民法３４条の公益法人制度を含め、営利を目的としない法人制度を今後
    総合的に検討を加える。

４）中央省庁の再編でも法律の所管、施行に責任ある推進体制となるよう
    十分配慮する。